Od roku 1993 je družstvo tehdy ještě Spartaku Přerov účastníkem nejvyšší soutěže mužů České republiky. Dosavadního největšího úspěchu dosáhl klub v sezóně 2002/2003, kdy se muži stali Mistrem České republiky.
Tento vrchol přerovského vodního póla předcházely úspěchy mládežnických družstev. Dorostenci získali v roce 1995 a 1996 dvakrát titul v I.lize dorostu. V roce 1997 obsadili 2.místo, 1998 3 místo. Hráči tehdejšího úspěšného dorosteneckého týmu dnes tvoří kostru seniorského výběru. Spolu se staršími hráči se podařil vytvořit perspektivní kolektiv, který v posledních letech významně promlouvá do naší nejvyšší soutěže. V sezóně 1999/2000 skončili pólisté KVP Přerov na 3.místě, 2000/2001 3.místo. Obhájit bronzové pozice se jim podařilo i v sezóně 2001/2002. V ligovém ročníku 2002/2003 se mužům podařilo získat historicky první titul pro Přerov. V následujících sezónách se podařilo na tento úspěch navázat ziskem třetího místa v sezóně 2003/2004 a stříbrných medailí v ročnících 2004/2005 a 2005/2006.
Oddíl se stále věnuje intenzivní práci s mládeží, kde pod vedením zkušených trenérů vyrůstají mladé naděje přerovského a českého vodního póla. Tito mladí hráči se úspěšně prosazují v několika posledních letech ve všech kategoriích mládežnických soutěží.
